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12000年前の大戦の末に封印された人類の天敵「堕天翅(だてんし)」が、気候の大異変によって復活し、人類はこれと再び戦うために、「創聖の書」に記された伝説の機械天使「アクエリオン」を発掘する。これを運用する地球再生機構「ディーバ」は、12000年前に堕天翅でありながらアクエリオンを操り人類に味方した伝説の戦士「太陽の翼」再臨の予言を受け、北の街で野生児のような少年・アポロに出会った。
アポロは本当に太陽の翼なのか?太陽の翼を巡る12000年前の因縁とは?そして次に滅びるのは堕天翅か、人類か……。